Die Zwinglikirche wurde im Jahr 1913 errichtet, nachdem im Zuge der Linthkorrektion die Zahl der zugewanderten Reformierten in das seit der Reformationszeit katholische Weesen stark zugenommen hatte. Die Churer Architekten Schäfer und Risch erhielten den Zuschlag für die Durchführung.
Die Grundsteinlegung fand am 6. April 1913 statt. Am 12. Oktober 1913 wurde die Kirche eingeweiht, vorerst ohne Glocken und ohne Orgel. Lediglich ein Harmonium vorne an der Fensterseite stand in den ersten Jahren zur Verfügung.
Am 16. Mai 1915 erhielt die Kirche drei Glocken. Die grösste Glocke ist die Zwingliglocke mit dem Bild Zwinglis. Darunter befindet sich die Aufschrift: "Zum Gedächtnis an den Aufenthalt des späteren Reformators Ulrich Zwingli als Knabe bei seinem Oheim Dekan Bartholomäus Zwingli ist dieses Gotteshaus Zwinglikirche genannt worden - Jetzt wollen wir das Wort Gottes selber hören."
Im Jahre 1970 erhält die Kirche eine neue Orgel der Firma Mathis in Näfels.
Im Jahr 2015 wird der Kirchturm total erneuert. Lediglich die Wetterfahne ist noch ein Original aus dem Jahre 1913.
Im Sommer 2016 erhält die Zwinglikirche einen neuen Innenanstrich und die Fenster werden saniert.
Die Zwinglikirche befindet sich an der Büelstrasse in Weesen